ユーザー辞書を使ってみます。
「読み」に極力変換候補の少ないものを選びます。
今回使うのは、スペースキーの左隣にある「コンマ」。これは変換候補が「全角コンマ」「半角コンマ」の2つしかありません。
# 、 % 、 & 、 -（半角ハイフン） 、()（半角カッコ両方） 、 /（半角スラッシュ） 、 >（半角不等号）などを登録しました。
あとは入力時に変換するだけ。元となる「コンマ」の候補が少ないので、記号が後ろに回っても選びやすいかと思います。
が、やはり根本的な解決には程遠い。
QWERTY最上段に記号が置けてた頃は英字を打ちながら"確定させずに"記号も一緒に打てたけど、この方法ではそれができません。
未確定文字がある時にコンマを入力した時に、ワンタップで"コンマだけ"変換することはできないですからネ。
そんな感じ。
